سریع، روان، قدرتمند؛ صفاتی هستند که می‌توان هنگام توصیف سخت‌افزار و کارایی آیفون SE از آن‌ها استفاده کرد. استفاده از پردازنده‌ی قدرتمند A9 بدون هیچ تغییری در مقایسه با آیفون 6s، از این گوشی یک غول سخت‌افزاری ساخته است که می‌تواند هرگونه عملیاتی را به‌راحتی انجام دهد، بدون اینکه به کیت خنک‌کننده احتیاج داشته باشد یا شما در انجام این عملیات مکث یا کم‌و‌کسری احساس کنید؛ همچنین وجود دو گیگابایت رم باعث شده همه‌ی منو‌ها، بازی‌ها، تنظیمات یا برنامه‌های پیش‌فرض بسیار روان و راحت اجرا شوند.

این تراشه‌ی نسل سومی از سری تراشه‌های ساخت اپل با اسم‌ کد «سایکلون 3» (Cyclone 3) است که A9 نام گرفته است. روی این تراشه‌، پردازنده‌ی‌ 2هسته‌‌ای با قدرت پردازش 1.8 گیگاهرتز با معماری ARMv8 قرار گرفته‌ است؛ همچنین این تراشه بر پایه‌ی لیتوگرافی 14نانومتری ساخته ‌شده و فوق‌العاده کم‌مصرف است. در کنار این پردازنده‌ی 2هسته‌ای‌، حضور پردازنده‌ی گرافیکی PowerVR GT7600 با اسم کد «روگ» (Rogue) هم پررنگ است. در آزمون‌های مختلف مشخص ‌شده است که قدرت پردازشی بالاتری در مقایسه با آدرنو 430 کوالکام و تگرا K1 انویدیا دارد. البته پردازنده‌‌ی حرکتی اختصاصی اپل با نام M9 هم روی این تراشه قرار دارد. وظیفه‌ی پردازنده‌ی کمکی M9، پردازش‌ حرکت‌های آیفون SE در کنار رمزگذاری و رمزگشایی ویدئو‌های 4K است. جدا از پیشرفت‌های تراشه‌ی اصلی، تراشه‌ی مودم هم که ساخت شرکت کوالکام است، از شبکه‌های 4G نوع چهارم با امکان استفاده از باندهای بیشتر پشتیبانی می‌کند.

همچنین این گوشی در ظرفیت‌های 16، 32 و 128 گیگابایتی به بازار عرضه‌ شده است. خرید آیفون 16گیگابایتی تنها به کسانی توصیه می‌شوند که می‌خواهند از امکانات اولیه‌ی آن استفاده کنند و قصد ندارند از فایل‌های مولتی‌مدیای زیادی بهره ببرند.

آیفون جدید از یک سیم‌کارت در شبکه‌ی 4G پشتیبانی می‌کند. امکان اتصال به اینترنت از طریق Wi-Fiو امکان اتصال به سایر دستگاه‌های ساخت اپل از طریق بلوتوث برای کاربران آیفون جدید فراهم ‌شده است. همچنین امکان استفاده از «پرداخت سریع اپل» (Apple Pay) به کمک NFC موجود در این آیفون، وجود دارد. امکانی که شاید در کشورمان آن‌قدر حیاتی نباشد؛ اما باید به این نکته توجه داشته باشیم که آیفون 5s فاقد این قابلیت بود.

استفاده از حسگر‌های امنیتی بیومتریک که در آیفون 5s شاهدش بودیم، در این گوشی هم وجود دارد. به‌گفته‌ی بسیاری از سایت‌های معتبر، این حسگر از همان ساختار نسل اول بهره می‌برد و سرعت و دقت حسگر آیفون 6s را ندارد؛ اما به‌جرئت می‌توان گفت، این حسگر پیشرفت قابل‌ملاحظه‌ای داشته و در آزمون‌های دیجی‌کالا مشخص شد که سرعت و دقت آن، حتی بیشتر از حسگر آیفون 6 است. این حسگر می‌تواند تا پنج انگشت کاربر را تشخیص دهد و ثبت کند.

نسخه‌ی نهم از سیستم‌عامل اختصاصی اپل با نام iOS برای آیفون SE در نظر گرفته شده است. این سیستم‌عامل هیچ تغییری در مقایسه با نسخه‌‌ای که در آیفون 5s شاهدش بودیم نکرده است. درعوض به لطف تراشه‌ی قدرتمند اپل از سرعت و روانی بالایی برخوردار شده و نباید دیگر نگران مشکلات و مکث‌های احتمالی سیستم‌عامل آیفون جدید باشیم.

یکی از نقاط قوت این گوشی که حتی آن را برتر از آیفون 6 می‌کند، باتری 1624 میلی‌آمپر ساعتی‌اش است که می‌تواند این گوشی کوچک را مدت زمان زیادی روشن نگه دارد و انر‌ژی موردنیازش را تامین کند.