سریع، روان، قدرتمند؛ صفاتی هستند که می‌توان هنگام توصیف سخت‌افزار و کارایی آیفون SE از آن‌ها استفاده کرد. استفاده از پردازنده‌ی قدرتمند A9 بدون هیچ تغییری در مقایسه با آیفون 6s، از این گوشی یک غول سخت‌افزاری ساخته که می‌تواند هرگونه عملیاتی را به‌راحتی انجام دهد؛ بدون اینکه به کیت خنک‌کننده احتیاج داشته باشد یا در انجام این عملیات مکث یا کم‌و‌کسری احساس کنید. همچنین وجود دو گیگابایت رم باعث شده همه‌ی منو‌ها، بازی‌ها، تنظیمات یا برنامه‌های پیش‌فرض بسیار روان و راحت اجرا شوند.

این تراشه‌ی نسل سومی از سری تراشه‌های ساخت اپل با اسم‌ کد «سایکلون 3» (Cyclone 3) است که A9 نام دارد. روی این تراشه‌، پردازنده‌ی دوهسته‌‌ای با قدرت پردازش 1.8 گیگاهرتز با معماری ARMv8 قرار گرفته‌ است. همچنین این تراشه بر پایه‌ی لیتوگرافی 14 نانومتری ساخته ‌شده و فوق‌العاده کم‌مصرف است. در کنار این پردازنده‌ی دوهسته‌ای‌، حضور پردازنده‌ی گرافیکی PowerVR GT7600 با اسم کد «روگ» (Rogue) هم پررنگ است. در آزمون‌های مختلف مشخص‌ شده که قدرت پردازشی بالاتری در مقایسه با آدرنو 430 کوالکام و تگرا K1 انویدیا دارد. البته پردازنده‌‌ی حرکتی اختصاصی اپل با نام M9 هم روی این تراشه قرار دارد. وظیفه‌ی پردازنده‌ی کمکی M9، پردازش‌ حرکت‌های آیفون SE در کنار رمزگذاری و رمزگشایی ویدیو‌های 4K است. جدا از پیشرفت‌های تراشه‌ی اصلی، تراشه‌ی مودم هم که ساخت شرکت کوالکام است، حالا از شبکه‌های 4G نوع چهارم با امکان استفاده از باندهای بیشتر پشتیبانی می‌کند.

همچنین این گوشی در ظرفیت‌های 16، 64 و 128 گیگابایتی به بازار عرضه ‌شده است. خرید آیفون 16 گیگابایتی تنها به کسانی توصیه می‌شود که می‌خواهند از امکانات اولیه‌ی آن بهره‌مند شوند و قصد ندارند از فایل‌های مولتی‌مدیای زیادی استفاده کنند.

آیفون جدید از یک سیم‌کارت در شبکه‌ی 4G پشتیبانی می‌کند. امکان اتصال به اینترنت از طریق Wi-Fiو امکان اتصال به سایر دستگاه‌های ساخت اپل از طریق بلوتوث برای کاربران آیفون جدید فراهم ‌شده است. همچنین امکان استفاده از «پرداخت سریع اپل» (Apple Pay) به کمک NFC موجود در این آیفون وجود دارد. امکانی که شاید در کشورمان آن‌قدر حیاتی نباشد؛ اما باید به این نکته توجه داشته باشیم که آیفون 5s فاقد این قابلیت بود.

حسگر‌های امنیتی بیومتریک که در آیفون 5s شاهدش بودیم، در این گوشی هم وجود دارند. به گفته‌ی بسیاری از سایت‌های معتبر، این حسگر از همان ساختار نسل اول بهره می‌برد و سرعت و دقت حسگر آیفون 6s را ندارد؛ اما بااطمینان می‌توان گفت، این حسگر پیشرفت قابل‌ملاحظه‌ای داشته و در آزمون‌های دیجی‌کالا مشخص شد که سرعت و دقت آن، حتی بیشتر از حسگر آیفون6 است. این حسگر می‌تواند تا پنج انگشت کاربر را تشخیص دهد و ثبت کند.

نسخه‌ی نهم از سیستم‌عامل اختصاصی اپل با نام iOS برای آیفون SE در نظر گرفته شده است. این سیستم‌عامل در مقایسه با نسخه‌‌ای که در آیفون 5s شاهدش بودیم، هیچ تغییری نکرده است. در عوض به لطف تراشه‌ی قدرتمند اپل از سرعت و روانی بالایی برخوردار شده و نباید دیگر نگران مشکلات و مکث‌های احتمالی سیستم‌عامل آیفون جدید باشیم.

یکی از قوت‌های این گوشی که حتی آن را برتر از آیفون 6 می‌کند، باتری 1624 میلی‌آمپر ساعتی‌اش است که می‌تواند این گوشی کوچک را مدت‌زمان زیادی روشن نگه دارد و انر‌ژی موردنیازش را تامین کند.